據本刊調查，李登輝自總統卸任後，也曾因貪污洗錢醜聞，而遭檢調單位追查，李的犯案模式與扁案極為雷同，有海外洗錢案、中廣購地案、機密外交的國安密帳案，以及扁案所沒有的侵占黨的資金與軍購弊案，此次特偵組趁扁案發生之際將一併清查，資金龐雜將遠超過扁案。
曾在日文版新書《李登輝的實踐哲學》寫道：「貪污的人辭去黨職根本不夠，還應切腹自殺」的李登輝，最近已遭特偵組鎖定，追查他任內向法國採購幻象戰機、代號「飛龍」案可能涉及的弊端；據陳水扁轉述，特偵組檢察官林嚞慧曾告訴他，特偵組後來查到李登輝可能涉弊的金額，比阿扁告發的還要更多。李登輝原要用來嘲諷陳水扁「貪污就應切腹自殺」的名言，如今套用在自己身上，真不知該做何詮釋。

李登輝與陳水扁昔日「情同父子」，但2人為了官司反目，只可以父子相殘形容。

買幻象 飛龍抽佣
據調查，最高檢察署在二○○八年十二月初已發文給國防部，要求調閱「飛龍」案的相關文件，檢方在清查資料時，赫然發現幻象戰機早在一九九八年即已交機完畢，但二○○○年以後，卻還有高達三百多億元的採購款留在國內未給付，部分資金流向更顯得疑點重重，因此已不排除和李登輝任內可能涉及的其他弊案，一起追查。
知情人士說，檢方懷疑，當年空軍呈報給國防部的二二八億五六三五萬法郎採購幻象戰機金額，最後在高層「指導」之下，硬是把總金額增加到二九一億九四九萬法郎，足足貴了六十億法郎，依當時的匯率換算，就是新台幣三百六十多億元，這多出來的金額，與二○○○年留在國內的三百多億元未付款數字接近，檢方質疑這些錢可能與佣金有關。
據瞭解，最高檢要求調閱「飛龍」案的文件，包括當年負責建案的參謀本部聯五計劃次長室所有與本案有關的檔案，檢調想要瞭解的是，當年國防部為何「指導」空軍總部只能要求法方降價一六％，而不是更多？以及為何要求空軍一次買足九百六十枚雲母飛彈與四百八十枚魔法二型飛彈，而非國際間認可四百八十與二百四十枚便已足夠的數量？
因為飛彈有其使用的時效，超量採購過期都將報廢，此舉無異是等同於圖利法國。或者另有回扣隱情，最高檢將會進一步偵查。