檢調初步追查弊案的可能起始時間，懷疑是在海洋巡防總局的前身保七總隊、水上警察局合併之前。檢調認為最離譜的是，這些單位的後勤、修維組承辦人員涉嫌協助特定廠商以「時間」綁標；也就是說，其他有意競標的造船廠在投標前數天才取得規範書，無法及時估價、報價及參與競標。

　　據指出，國內造船業近十餘年不景氣，除了觀光旅遊艇的訂單一枝獨秀，其餘船艇幾乎乏人聞問，多數造船廠陷於進退維谷的窘境。海洋巡防總局成立後，歷年分批採購巡邏艇，成為許多造船廠的「救命丹」。一些廠商和高階警官、海軍關係良好，涉嫌聯手壟斷購艇案的預算大餅。

　　據調查，涉案的後勤、維修組官員辦理購艇案，都是先依招標規範制定所需船艇種類，再依特定廠商設備特性，設計此船型的大小、速度等，交由技術顧問公司提出設計方案及造船規範，訂定造船廠的實績、資格及底價，最後辦理公開招標。如此一來，在形式上既合法，每次開標也都由特定廠商承建。

　　檢調還發現，這些官商原本長期掌控巡邏艇採購案，但八十九年間，另一家大舟造船公司投標價格與底標僅相差一百卅萬元，競攬承建一批船艇，每艘單價約八千五百萬元。但最後的結果是，大舟被以違約理由將其中七艘六十噸船艇購案解約，大舟的數千萬元履約保證金也被沒收，雙方至今為此涉訟。

　　檢調掌握的蒐證資料顯示，大舟造船公司得標後建造船艇時，使用雙方合約指定廠牌ＤＥＵＴＺ公司所生產的主機，但承辦官員卻以主機實績不足等理由，要求使用一家主機廠商代理的ＭＴＵ主機。因這家主機廠商和另一家造船廠是相互配合的協力廠商，檢調懷疑海洋巡防總局官員意圖以主機規格綁標，正清查相關的資料釐清真相。