司法高層不諱言，政黨輪替前後，執政當局面對這些弊案的決心和立場，的確會影響檢調偵辦成果。例如在興票案中，檢察官尊重卸任元首，一直未訪談李登輝。特調小組查軍購案，意外發現國民黨的「主席業務專戶」款項輾轉流入李登輝的親友手中，但案件「存參」。

　　特調小組追查拉法葉艦軍購弊案佣金流向，清查前總統府祕書室主任蘇志誠的相關帳戶，曾查出國民黨「主席業務專用帳戶」在七十九年至八十三年有鉅額款項流入特定帳戶孳息，這些存款最後有一億元進入李登輝的媳婦張月雲之姊張桂芬，及女兒李安娜手中。

　　檢調為查明原委，祕密約談國民黨前財委會第二室總幹事黃福初。黃承認在七十九年至八十三年間多次依財委會主委徐立德指示，以台支交付款項給蘇志誠。但黃表示，他只是一個出納，不清楚「主席業務專用帳戶」要如何動用，也不知道這些錢的最後去處。

　　特調小組查出這些事實後，有人主張可能涉及背信和侵占，應該請李登輝協助調查，但也有人認為這是國民黨「家務事」，與拉法葉艦軍購案無關，沒必要繼續追查。高層「研辦」後，指示檢調向國民黨詢問對「主席業務專用帳戶」款項用途無意見，逕將案子「存參」。

　　但新瑞都案爆發後，國民黨的「大掌櫃」前投管會主委劉泰英被羈押，檢調先是認為劉泰英涉嫌挪用國民黨相關款項，不可能「一手遮天」，接著查出數億元金錢流到台綜院相關帳戶，案情又扯上李登輝。此時，檢調的偵辦立場出現微妙的轉折。

　　消息來源透露，當時辦案人員有意讓案情「向上發展」，但檢調高層彼此有「異見」，有人又提出「研辦」主張。就從上月底到本月中旬，情勢起變化，高層突然整合立場，告知第一線辦案人員「放手去查」。有人說，這可能與劉泰英為求「自保」的供詞有關。